Храм на честь трьох великих християнських святителів – Василія Великого, Григорія Богослова та Іоана Златоустого – побудовано з цегли у 1878 р.  До початку 1882 р. провадилися його розписи.

Над розписами в купольній частині храму працювали віденський художник К. Йобст, та буковинський митець Е. Бучевський. К. Йобст написав ікони Різдва Христового (розміщена у лівому нефі 2-го поверху), Воскресіння (розміщена у правому нефі 2-го поверху) (Фото №04, 05), Зішестя Святого Духа  на Апостолів (розміщена над вівтарем) та чотирьох євангелістів: св. Матфея, св. Марка, св. Луки та св. Іоана (розміщені, як це прийнято у православному храмовому будівництві, у прикупольних нефах).

Розробкою та виконанням декоративного орнаменту займався Е. Бучевський.

Розписувався храм темперою.

Іконостас вирізьблений з липи буковинськими майстрами.

Розміру храму 18,9х18,56 м, загальною площею 281,1 кв.м. Висота центрального купола 38 м., а ззовні (з хрестом) – 45 м.

Храм збудований для потреб теологічного факультету, який розташовувався поруч, на території митрополичої резиденції.

Освячений 15 липня 1882 р. митропо литом Сильвестром (Мораріу-Андрвєвичем)на честь Трьох Святителів: Василія Великого, Григорія Богослова та Іоана Златоустого.

У храмі студенти-богослови проходили богослужбову практику. Цікавим є той факт, що навіть під час Першої світової війни навчальний процес не переривався. Проте, так тривало лише до 1944 року.

В радянську добу, до 1981 року, у храмі було розміщено обчислювальний центр (ОЦ) університету, де знаходилась одна із перших радянських обчислювальних машин (ЕОМ) “Мінськ-4”, власне, саме так у той час називали комп’ютери. Ректорат університету доклав усіх зусиль для того, щоб зберегти святиню.

Зокрема, на стінах храму зберігся автентичний розпис, не було навіть зрушено з місця іконостас.

У 1981 році електронну техніку було перевезено в інше приміщення, а у храмі розпочато реставраційні роботи, котрі продовжувались до 1985 року. В цей період було поновлено декоративний орнамент та ікону Зішесття Святого Духа на Святих Апостолів, котру з часом зіпсував грибок. Реставраційні роботи проводили Кам’янець-Подільські майстри, а ікону Зішестя Св. Духа реставрували київські фахівці.

Вся купольна частина храму є автентичною, як і іконостас 1882 року.

Під час реставрації було відновлено втрачене панікадило. Сучасне панікадило виготовили з латуні за ескізами старого.

З 1985 до 1991 року у храмі функціонував історико-культурний центр.

З 1991 року на великі свята у храмі дозволили звершувати святкові богослужіння.

У 1993 році Святійший Патріарх Київський та всієї Руси-України Володимир (Романюк) освятив храм, а з відновленням у структурі університету теологічного відділення – було відновлено богослужбову практику, на той час лише чотири дні на тиждень.

Новий етап в історії храму розпочався 18 квітня 2003 року. Саме тоді з благословення Його Святості Патріарха Київського і всієї Руси-України Філарета було укладено нову угоду про спільну освітню діяльність між ЧНУ ім. Юрія Федьковича та Київською Духовною Академією (КДА) Української Православної Церкви Київського Патріархату. Реалізація угоди також передбачає розв’язання і багато інших життєвоважливих питань. Саме з цього часу університетський храм отримав ставропігійний статус (пряме канонічне підпорядкування Патріарху), а студенти-богослови можливість не лише у будні , але й у недільні та святкові дні закріплювати на практиці набуті ними теоретичні знання з літургіки, гомілетики, пастирського богослов’я та ін.

3 вересня 2003 року в храмі відновлено постійні богослужіння, котрі звершують викладачі та студенти Богословського відділення.

У 2006 році було розпочато новий етап реставраційних робіт у Резиденції загалом і у храмі зокрема. Саме у цей час розпочато комплексну реставрацію куполів та даху храму, а також було замінено систему дощового водовідведення.

У 2009-2010 роках замінено систему опалення.

З 14 грудня 2019 року, відповідно до указу Предстоятеля Православної Церкви України Блаженійшого митрополита Київського та всієї України Епіфанія за № 820, право адміністрування над храмом передано Преосвященному архієпископу Чернівецькому та Хотинському ГЕРМАНУ.

9 лютого 2024 року, відповідно до указу Предстоятеля Православної Церкви України Блаженійшого митрополита Київського та всієї України Епіфанія, було скасовано ставропігійний статус.

Нині храм знаходиться в складі Чернівецько-Буковинської єпархії ПЦУ.